横跨东中西、涉及11省市，这一区域经济“阶梯式”不平衡差异，是长江经济带战略的显著特点。
故而，作为国家整体战略从全局性角度提出的环境治理、产业转型、立体交通、一体化市场建设等诸多目标和任务，要在规定的时间表内有效达到，则更多要依赖于创新和重构新型区域合作机制。
仅从工业经济发展角度看，推动长江经济带发展领导小组办公室负责人在解读《长江经济带发展规划纲要》（下称《规划纲要》）就指出，沿江存在“各自为政”。这是导致《长江经济带发展规划纲要》中提出诸如污染等严重问题的根本所在。
事实上，作为一体化协调发展战略，其关键在于建立新型的区域合作协调机制，这也是政策设计的出发点。
成本共担、利益共享
数据显示，长江经济带涉及地区之间 “梯次型”发展特征明显， 经济发展水平差异较大。
而从产业结构看，其同构化现象比较严重。
如汽车产业，长江下游的上海、中游的武汉、上游的重庆等均作为重点发展产业。而同在长三角的16个城市中，选择汽车作为重点发展产业的就有11个。在上海、浙江和江苏三地，比重最大的12个制造业部门中，有8个相同。
更进一步，长江中上游地区的产业趋同化现象也很突出，支柱产业基本上都集中在石油和天然气业、电力蒸汽热水生产和供应业、烟草加工业、食品加工业、黑色金属等产业上。
江苏省社科院财贸所研究员骆祖春指出，产业同构化是地区之间重复建设和恶性竞争的源头。
21世纪经济报道记者在采访中获悉，长江经济带11省市对生态环境资源的保护利用持有不同的心态：对下游地区而言，同样作为环境，中上游地区提供优质的资源环境“本来就应该”，因此没有必要进行相应的补偿；上游云贵地区则认为，不应牺牲其发展权而限制其发展；对于地处中游的湖北、湖南而言，在享受上游地区提供的水资源环境服务又希望承接下游的产业。
在这样的情况下，则很难形成对长江流域生态资源整体协调利用，因此迫切需要从国家层面进行宏观总体协调规划，研究制定细化完善的配套措施，破除各地“免费搭车”的思维。
江苏财税系统人士对21世纪经济报道记者表示，长江经济带2014年一、二、三产占国内生产总值的比重分别为8.36%，46.89%和44.75%，尤其是一产比重持续10年下降，主要依靠二产、三产推动经济增长，且近几年来二产、三产比重交替上升，这意味着长江经济带已经基本实现了工业化，正在进入以服务业为主导的“后工业化”阶段。而这一特点是区域协调机制能够创新的基础所在，也因此，“成本共担、利益共享”机制才能确定。
所以，区域协调的机制要有利于鼓励和促进产业转型升级、扩大沿江开放口岸建设，以及推动沿线的城镇化建设。
鼓励产业对接
《规划纲要》中提出，要引导产业有序转移，一是下游地区积极引导资源加工型、劳动密集型产业和以内需为主的资金、技术密集型产业加快向中上游地区转移；二是创新产业转移方式，积极探索多种形式的产业转移合作模式，鼓励上海、江苏、浙江到中上游地区共建产业园区，发展“飞地经济”，共同拓展市场和发展空间，实现利益共享。
骆祖春表示，从现实看，鼓励实现产业对接的税收政策较为可行。
如，从发达国家的经验看，可积极推行劳动力社会保险等企业所得税加计扣除优惠政策。这是因为，从富士康等企业从江苏西迁重庆等地的现实看，在中西部特定发展地区施行“五险一金”企业所得税前加计扣除政策，可以降低企业成本，扩大社会保险覆盖面，提高社会福利。
其次，可借鉴国家自主创新示范区的政策，将中西部地区企业的职工教育经费等人力资源成本涉及的企业所得税前提取扣除比例扩大到工资总额的8%-12%，可以更好地提升劳动力素质，推动产业更好对接。
再次，要推行利于产业链优化的投资重组税收政策，适度放宽特殊性重组条件，将原限于国企集团内部重组的免税划拨规定适用到所有性质的企业等，这将继续降低税收对企业正常并购重组活动的干扰，进一步推动长江经济带产业之间横向、纵向与混合的产业链重整活动。
鉴于《规划纲要》提出的鼓励创新驱动，应该将部分现代服务业纳入高新技术产业范畴，鼓励金融、信息等现代服务业发展，并以此放宽高新技术企业认定条件，如，在享受税收优惠时，改善认定条件一样，采用近三个会计年度的研究开发费占比作为审核依据。
同时，积极鼓励扶持中小型企业创新发展，可引进类似英国的“现金返还制度”与研发费用加计扣除政策相互补充，避免中小高新企业因研发投入导致亏损等。
受访21世纪经济报道记者的江苏国税局人士表示，长江经济带战略涉及港口建设、通关一体化、口岸利用、对外开放等，因此，要整合沿江海关特殊监管区域，建立以自由贸易区为龙头、系列综合保税区为主体的开放口岸体系，比如，以上海洋山港为龙头，利用南京、武汉、重庆三大航运枢纽中心积极推广起运港退税政策等，以“润滑油、催化剂”作用，推动产品沿陆海开放双通道顺利走向世界。